ครูบาศรีวิชัย ซึ่งเป็นที่รู้จักกันทั่วไปโดยเฉพาะในเขตล้านนาว่าเป็น "ตนบุญ" หรือ "นักบุญ" อันมีความหมายเชิงยกย่องว่าเป็นนักบวชที่มีคุณสมบัติพิเศษ อาจพบว่ามีการเรียกอีกว่า ครูบาเจ้าศรีวิชัย พระครูบาศรีวิชัย ครูบาศีลธรรม หรือ ทุเจ้าสิริ (อ่าน"ตุ๊เจ้าสิลิ") แต่พบว่าท่านมักเรียกตนเองเป็น พระชัยยาภิกขุ หรือ พระศรีวิชัยชนะภิกขุ เดิมชื่อเฟือนหรืออินท์เฟือนบ้างก็ว่าอ้ายฟ้าร้อง เนื่องจากในขณะที่ท่านถือกำเนิดนั้นปรากฏฝนฟ้าคะนองอย่างหนัก ส่วนอินท์เฟือนนั้น หมายถึง การเกิดกัมปนาทหวั่นไหวถึงสวรรค์หรือเมืองของพระอินทร์ ท่านเกิดในปีขาล เดือน ๙ เหนือ(เดือน ๗ของภาคกลาง) ขึ้น ๑๑ ค่ำ จ.ศ.๑๒๔๐ เวลาพลบค่ำ ตรงกับวันอังคารที่ ๑๑ เดือนมิถุนายน พ.ศ.๒๔๒๑ ที่หมู่บ้านชื่อ "บ้านปาง" ตำบลแม่ตืน อำเภอลี้ จังหวัดลำพูน ท่านเป็นบุตรของนายควาย นางอุสา มีพี่น้องทั้งหมด ๕ คน มีชื่อตามลำดับ คือ ๑. นายไหว ๒. นางอวน ๓. นายอินท์เฟือน(ครูบาศรีวิชัย) ๔. นางแว่น ๕. นายทา

          ทั้งนี้นายควายบิดาของท่านได้ติดตามผู้เป็นตาคือ หมื่นปราบ (ผาบ) ซึ่งมีอาชีพเป็นหมอคล้องช้างของเจ้าหลวงดาราดิเรกฤทธิ์ไพโรจน์(เจ้าผู้ครองนครลำพูนองค์ที่ ๗ ช่วง พ.ศ.๒๔๑๔-๒๔๓๑)ไปตั้งครอบครัวบุกเบิกที่ทำกินอยู่ที่บ้านปาง บ้านเดิมของนายควายอยู่ที่บ้านสันป่ายางหลวง ทางด้านเหนือของตัวเมืองลำพูน

          ในสมัยที่ครูบาศรีวิชัยหรือนายอินท์เฟือนยังเป็นเด็กอยู่นั้น หมู่บ้านดังกล่าวยังกันดารมากมีชน กลุ่มน้อยอาศัยอยู่มากโดยเฉพาะชาว ปกาเกอญอ (กะเหรี่ยง) ในช่วงนั้นบ้านปางยังไม่มีวัดประจำหมู่บ้าน จนกระทั่งเมื่อนายอินท์เฟือนมีอายุได้ ๑๗ ปีได้มีพระภิกษุรูปหนึ่งชื่อ ครูบาขัติยะ (ชาวบ้านเรียกว่า ครูบาแฅ่งแฅะ เพราะท่านเดินขากะเผลก) เดินธุดงค์จากบ้านป่าซางผ่านมาถึงหมู่บ้านนั้น ชาวบ้านจึงนิมนต์ท่านให้อยู่ประจำที่บ้านปาง แล้วชาวบ้านก็ช่วยกันสร้างกุฏิชั่วคราวให้ท่านจำพรรษา ในช่วงนั้น เด็กชายอินท์เฟือนได้ฝากตัวเป็นศิษย์ และเมื่ออายุได้ ๑๘ ปีก็ได้บรรพชาเป็นสามเณรที่ อารามแห่งนี้โดยมีครูบาขัติยะเป็นพระอุปัชฌาย์ ๓ ปีต่อมา (พ.ศ. ๒๔๔๒) เมื่อสามเณรอินท์เฟือนมีอายุย่างเข้า ๒๑ ปี ก็ได้เข้าอุปสมบทในอุโบสถวัดบ้านโฮ่งหลวง อำเภอบ้านโฮ่งจังหวัดลำพูน โดยมีครูบาสมณะวัดบ้านโฮ่งหลวงเป็นพระอุปัชฌาย์ ได้รับนามฉายาในการอุปสมบทว่า สิริวิชโยภิกฺขุ มีนามบัญญัติว่า พระศรีวิชัย ซึ่งบางครั้งก็พบว่าเขียนเป็น สรีวิไชย สีวิไช หรือ สรีวิชัย

          เมื่ออุปสมบทแล้ว สิริวิชโยภิกขุก็กลับมาจำพรรษาที่อารามบ้านปางอีก ๑ พรรษา จากนั้นได้ไปศึกษากัมมัฏฐานและวิชาอาคมกับครูบาอุปละ วัดดอยแต อำเภอแม่ทา จังหวัดลำพูน ต่อมาได้ไปฝากตัวเป็นศิษย์ของครูบาวัดดอยคำอีกด้วย และอีกท่านหนึ่งที่ถือว่าเป็นครูของครูบาศรีวิชัยคือครูบาสมณะ วัดบ้านโฮ่งหลวงซึ่งเป็นพระอุปฌาย์ของท่าน

          ครูบาศรีวิชัย รับการศึกษาจากครูบาอุปละวัดดอยแตเป็นเวลา ๑ พรรษาก็กลับมาอยู่ที่อารามบ้านปางจนถึง พ.ศ. ๒๔๔๔ (อายุได้ ๒๔ ปี พรรษาที่ ๔) ครูบาขัติยะได้จาริกออกจากบ้านปางไป(บางท่านว่ามรณภาพ) ครูบาศรีวิชัยจึงรักษาการแทนในตำแหน่งเจ้าอาวาส และเมื่อครบพรรษาที่ ๕ ก็ได้เป็นเจ้าอาวาสวัดบ้านปาง จากนั้นก็ได้ย้ายวัดไปยังสถานที่ที่เห็นว่าเหมาะสม คือบริเวณเนินเขาซึ่งเป็นที่ตั้งวัดบ้านปางในปัจจุบัน เพราะเป็นที่วิเวกและสามารถปฏิบัติธรรมได้เป็นอย่างดีโดยได้ให้ชื่อวัดใหม่แห่งนี้ว่า วัดจอมสรีทรายมูลบุญเรือง แต่ชาวบ้านทั่วไปยังนิยมเรียกว่า วัดบ้านปาง ตามชื่อของหมู่บ้าน

          ครูบาศรีวิชัย เป็นผู้มีศีลาจารวัตรที่งดงามและเคร่งครัด โดยที่ท่านงดการเสพ หมาก เมี่ยง บุหรี่ โดยสิ้นเชิง ท่านงดฉันเนื้อสัตว์ตั้งแต่เมื่ออายุได้ ๒๖ ปี และฉันอาหารเพียงมื้อเดียว ซึ่งมักเป็นผักต้มใส่เกลือกับพริกไทเล็กน้อย บางทีก็ไม่ฉันข้าวทั้ง ๕ เดือน คงฉันเฉพาะลูกไม้หัวมันเท่านั้น นอกจากนี้ท่านยังงดฉันผักตามวันทั้ง ๗ คือ วันอาทิตย์ ไม่ฉันฟักแฟง, วันจันทร์ ไม่ฉันแตงโมและแตงกวา, วันอังคาร ไม่ฉันมะเขือ, วันพุธ ไม่ฉันใบแมงลัก, วันพฤหัสบดี ไม่ฉันกล้วย, วันศุกร์ ไม่ฉันเทา (อ่าน"เตา"-สาหร่ายน้ำจืดคล้ายเส้นผมสีเขียวชนิดหนึ่ง), วันเสาร์ ไม่ฉันบอน นอกจากนี้ผักที่ท่านจะไม่ฉันเลยคือ ผักบุ้ง ผักปลอด ผักเปลว ผักหมากขี้กา ผักจิก และผักเฮือด-ผักฮี้(ใบไม้เลียบอ่อน) โดยท่านให้เหตุผลว่า ถ้าพระภิกษุสามเณรรูปใดงดได้ การบำเพ็ญกัมมัฏฐานจะเจริญก้าวหน้า ผิวพรรณจะเปล่งปลั่ง ธาตุทั้ง ๔ จะเป็นปกติ ถ้าชาวบ้านงดเว้นแล้วจะทำให้การถือคาถาอาคมดีนัก

          ครูบาศรีวิชัย มีความปรารถนาที่จะบรรลุธรรมะอันสูงสุดดังปรากฏจากคำอธิษฐานบารมีที่ท่านอธิษฐานไว้ว่า "...ตั้งปรารถนาขอหื้อได้ถึงธรรมะ ยึดเหนี่ยวเอาพระนิพพานสิ่งเดียว..." และมักจะปรากฏความปรารถนาดังกล่าวในตอนท้ายชองคัมภีร์ใบลานที่ท่านสร้างไว้ทุกเรื่อง อีกประการหนึ่งที่ทำให้ครูบาศรีวิชัยเป็นที่รู้จักและอยู่ในความทรงจำของชาวล้านนาคือการที่ท่านเป็นผู้นำในการสร้างทางขึ้นสู่วัดพระธาตุดอยสุเทพโดยพลังศรัทธาประชาชนเป็นจำนวนมาก ทั้งกำลังกายและกำลังทรัพย์ ซึ่งใช้เวลาสร้างเพียง ๕ เดือนเศษ โดยไม่ใช้งบประมาณของรัฐ แต่เรื่องที่ทำให้ครูบาศรีวิชัยเป็นที่รู้จักกันใน ระยะแรกนั้นเกิดเนื่องจากการที่ท่านต้องอธิกรณ์ ซึ่งระเบียบการปกครองสงฆ์ตามจารีตเดิมของล้านนานั้นให้ความสำคัญแก่ระบบหมวดอุโบสถ หรือ ระบบหัวหมวดวัด มากกว่า และการปกครองก็เป็นไปในระบบพระอุปัชฌาย์อาจารย์กับศิษย์ ซึ่งพระอุปัชฌาย์รูปหนึ่งจะมีวัดขึ้นอยู่ในการดูแลจำนวนหนึ่งเรียกว่าเจ้าหมวดอุโบสถ โดยคัดเลือกจากพระที่มีผู้เคารพนับถือและได้รับการยกย่องว่าเป็น ครูบา ซึ่งหมายถึงพระภิกษุที่ได้รับความยกย่องอย่างสูง ดังนั้นครูบาศรีวิชัยซึ่งมีชื่อเสียงอยู่ในขณะนั้นจึงอยู่ในตำแหน่งหัวหมวดพระอุปัชฌาย์ โดยฐานะเช่นนี้ ครูบาศรีวิชัยจึงมีสิทธิ์ตามจารีตท้องถิ่นที่จะบวชกุลบุตรได้ ทำให้ครูบาศรีวิชัยจึงมีลูกศิษย์จำนวนมาก และลูกศิษย์เหล่านี้ก็ได้เป็นฐานกำลังที่สำคัญของครูบาศรีวิชัยในการดำเนินกิจกรรมทางศาสนาและกิจกรรมสาธารณประโยชน์ อีกทั้งยังเป็นแนวร่วมในการต่อต้านอำนาจจากกรุงเทพฯ เมื่อเกิดกรณีขัดแย้งขึ้นในเวลาต่อมา

          ส่วนสงฆ์ในล้านนาเองก็มีแนวปฏิบัติที่หลากหลาย เนื่องจากมีการจำแนกพระสงฆ์ตามจารีตท้องถิ่นออกเป็นถึง ๑๘ นิกาย และในแต่ละนิกายนี้ก็น่าจะหมายถึงกลุ่มพระที่เป็นสายพระอุปัชฌาย์สืบต่อกันมาในแต่ละท้องที่ซึ่งมีอำนาจปกครองในสายของตนโดยผ่านความคิดระบบครูกับศิษย์ และนอกจากนี้นิกายต่าง ๆ นั้นยังเกี่ยวข้องกับชื่อของเชื้อชาติอีกด้วย เช่น นิกายเชียงใหม่ นิกายขึน (เผ่าไทขึน/เขิน) นิกายยอง (จากเมืองยอง) เป็นต้น สำหรับครูบาศรีวิชัยนั้นยึดถือปฏิบัติในแนวของนิกายเชียงใหม่ผสมกับนิกายยองซึ่งมีแนวปฏิบัติบางอย่างต่างจากนิกายอื่น ๆ มีธรรมเนียมที่ยึดถือคือ การนุ่งห่มที่เรียกว่า กุมผ้าแบบรัดอก สวมหมวก แขวนลูกประคำ ถือไม้เท้าและพัด ซึ่งยึดธรรมเนียมมาจากวัดดอยแตโดยอ้างว่า สืบวิธีการนี้มาจากลังกา การที่ครูบาศรีวิชัยถือว่าท่านมีสิทธิ์ที่จะบวชกุลบุตรได้ตามจารีตการถือปฏิบัติมาแต่เดิมนั้น ทำให้ขัดกับพระราชบัญญัติการปกครองคณะสงฆ์ ร.ศ.๑๒๑(พ.ศ.๒๔๔๖) เพราะในพระราชบัญญัติดังกล่าวกำหนดว่า "พระอุปัชฌาย์ที่จะบวชกุลบุตรได้ ต้องได้รับการแต่งตั้งตามระเบียบการปกครองของสงฆ์จากส่วนกลางเท่านั้น" โดยถือเป็นหน้าที่ของเจ้าคณะแขวงนั้น ๆ เป็นผู้คัดเลือกผู้ที่ควรจะเป็นอุปัชฌาย์ได้ และเมื่อคัดเลือกได้แล้วจึงจะนำชื่อเสนอเจ้าคณะผู้ใหญ่ในกรุงเทพฯเพื่อดำเนินการแต่งตั้งต่อไป การจัดระเบียบการปกครองใหม่ของกรุงเทพฯนี้ถือเป็นวิธีการสลายจารีตเดิมของสงฆ์ในล้านนาอย่างได้ผล องค์กรสงฆ์ล้านนาก็เริ่มสลายตัวลงที่ละน้อยเพราะอย่างน้อยความขัดแย้งต่าง ๆ ก็เกิดขึ้นระหว่างสงฆ์ในล้านนาด้วยกันเอง ดังกรณี ความขัดแย้งระหว่างครูบาศรีวิชัยกับพระครูมหารัตนากรเจ้าคณะแขวงลี้ อำเภอลี้ จังหวัดลำพูน เป็นต้น

          การต้องอธิกรณ์ระยะแรกของครูบาศรีวิชัยนั้นเกิดขึ้นเพราะครูบาศรีวิชัยถือธรรมเนียมปฏิบัติตามจารีตเดิมของล้านนา ส่วนเจ้าคณะแขวงลี้ซึ่งใช้ระเบียบวิธีปฏิบัติของกรุงเทพฯ ซึ่งเห็นว่าครูบาศรีวิชัยทำหน้าที่พระอุปัชฌาย์โดยไม่ได้รับการอนุญาตจากเจ้าคณะแขวงลี้ จึงถือว่าเป็นความผิด เพราะตั้งตนเป็นพระอุปัชฌาย์เองและเป็นพระอุปัชฌาย์เถื่อน ครูบามหารัตนากรเจ้าคณะแขวงลี้กับหนานบุญเติง นายอำเภอลี้ได้เรียกครูบาศรีวิชัยไปสอบสวนเกี่ยวกับปัญหาที่ครูบาศรีวิชัยเป็นพระอุปัชฌาย์บวชกุลบุตรโดยมิได้รับแต่งตั้งตามพระราชบัญญัติ การจับกุมครูบาศรีวิชัยสามารถแบ่งช่วงเวลาออกเป็น ๓ ช่วงเนื่องจากเป็นระยะเวลาที่ยาวนานเกือบ ๓๐ ปีและแต่ละช่วงจะมีรายละเอียดของสภาพสังคมที่แตกต่างกัน

          การต้องอธิกรณ์ช่วงแรกของครูบาศรีวิชัยเป็นผลมาจากการเริ่มทดลองใช้กฎหมายของคณะสงฆ์ฉบับแรก(พ.ศ.๒๔๔๖)และเป็นการเริ่มให้อำนาจกับสงฆ์สายกลุ่มผู้ปกครองในช่วงพ.ศ.๒๔๕๓ นั้น บทบาทของครูบาศรีวิชัยในหมู่ชาวบ้านและชาวเขามีลักษณะโดดเด่นเกินกว่าตำแหน่งสงฆ์ผู้ปกครอง ดังจะเห็นว่าชาวบ้านมักนำเอาบุตรหลานมาฝากฝังให้ครูบาศรีวิชัยบวชเณรและอุปสมบท เมื่อความทราบถึงเจ้าคณะแขวงและนายอำเภอลี้ ทางการก็เห็นว่าครูบาศรีวิชัยล่วงเกินอำนาจของตน เจ้าคณะแขวงและนายอำเภอได้พาตำรวจควบคุมครูบาศรีวิชัยไปกักไว้ที่วัดเจ้าคณะแขวงลี้ได้ ๔ คืน จากนั้นก็ส่งครูบาศรีวิชัยไปให้พระครูบ้านยู้ เจ้าคณะจังหวัดลำพูนเพื่อรับการไต่สวน ซี่งผลก็ไม่ปรากฏครูบาศรีวิชัยมีความผิด หลังจากถูกไต่สวนครั้งแรกไม่นานนัก ครูบาศรีวิชัยก็ถูกเรียกตัวสอบอีกครั้งโดยพระครู มหาอินทร์ เจ้าคณะแขวงลี้ เนื่องจากมีหมายเรียกให้ครูบาศรีวิชัยนำลูกวัดไปประชุมเพื่อรับทราบระเบียบกฎหมายใหม่จากนายอำเภอและเจ้าคณะแขวงลี้ แต่ครูบาศรีวิชัยไม่ได้ไปตามหมายเรียกนั้น ซึ่งส่งผลทำให้เจ้าอธิการหัววัดที่อยู่ในหมวดอุโบสถของครูบาศรีวิชัยไม่ไปประชุมเช่นกัน เพราะเห็นว่าเจ้าหัวหมวดไม่ไปประชุม ลูกวัดก็ไม่ควรไป พระครูเจ้าคณะแขวงลี้จึงสั่งให้นายสิบตำรวจเมืองลำพูนไปควบคุมครูบาศรีวิชัยส่งให้พระครูญาณมงคลเจ้าคณะจังหวัดลำพูนจัดการไต่สวน ครั้งนั้น ครูบาศรีวิชัยถูกควบคุมตัวอยู่ที่วัดชัยเมืองลำพูนถึง ๒๓ วัน จึงได้รับการปล่อยตัว

          ส่วนครั้งที่๓ ใน พ.ศ.เดียวกันนี้ พระครูเจ้าคณะแขวงลี้ได้สั่งให้ครูบาศรีวิชัยนำเอาลูกวัดเจ้าอธิการหัววัดตำบลบ้านปาง ซึ่งอยู่ในหมวดอุโบสถไปประชุมที่วัดเจ้าคณะแขวงตามพระราชบัญญัติที่จะเพิ่มขึ้น ปรากฏว่าครูบาศรีวิชัยมิได้เข้าประชุมอีก มีผลให้บรรดาหัววัดไม่ไปประชุมเช่นกัน เจ้าคณะแขวงและนายอำเภอลี้จึงมีหนังสือฟ้องถึงพระครูญาณมงคล เจ้าคณะจังหวัดลำพูน ครูบาศรีวิชัยถูกควบคุมไว้ที่วัดพระธาตุหริภุญชัยเมืองลำพูนนานถึงหนึ่งปี พระครูญาณมงคลจึงได้เรียกประชุมพระครูผู้ใหญ่ในจังหวัดเพื่อพิจารณาเรื่องนี้ ซึ่งในที่สุดที่ประชุมก็ได้ตัดสินให้ครูบาศรีวิชัยพ้นจากตำแหน่งหัวหมวดวัดหรือหมวดอุโบสถและมิให้เป็นพระอุปัชฌาย์อีกต่อไป พร้อมทั้งถูกควบคุมตัวต่อไปอีกหนึ่งปี

          อธิกรณ์พระศรีวิชัยครั้งที่สองนี้มีความเข้มข้นและรุนแรงขึ้นเนื่องจากเป็นผลมาจากการต้องอธิกรณ์ครั้งแรกถึง ๓ ครั้ง แต่การต้องอธิกรณ์กลับเป็นการเพิ่มความเลื่อมใสศรัทธาของชาวบ้านที่มีต่อครูบาศรีวิชัยมากยิ่งขึ้น เสียงที่เล่าลือเกี่ยวกับครูบาสรีวิชัยจึงขยายออกไป นับตั้งแต่เป็นผู้วิเศษเดินตากฝนไม่เปียกและได้รับดาบสรีกัญไชย(พระขรรค์ชัยศรี)จากพระอินทร์ ความนับถือเลื่อมใสศรัทธาใน ตัวครูบาศรีวิชัยยิ่งแพร่ขยายออกไปอย่างไม่หยุดยั้ง คำเล่าลือดังกล่าวเมื่อทราบถึงเจ้าคณะแขวงลี้และนายอำเภอแขวงลี้ ทั้งสองจึงได้เข้าแจ้งต่อพระครูญาณมงคล เจ้าคณะจังหวัดลำพูน โดยกล่าวหาว่า "ครูบาศรีวิชัยเกลี้ยกล่อมส้องสุมคนคฤหัสถ์นักบวชเป็นก๊กเป็นเหล่า และใช้ผีและเวทมนต์" พระครูญาณมงคลจึงออกหนังสือลงวันที่ ๑๒มกราคม ๒๔๖๒ สั่งครูบาศรีวิชัยให้ออกไปพ้นเขตจังหวัดลำพูน ภายใน ๑๕ วัน พร้อมทั้งมีหนังสือห้ามพระในจังหวัดลำพูนรับครูบาศรีวิชัยไว้ในวัด เมื่อครูบาศรีวิชัยโต้แย้งและทางการไม่สามารถเอาผิดครูบาศรีวิชัยได้ ความดังกล่าวก็เลิกราไประยะหนึ่ง แต่ต่อมา ก็มีหนังสือของเจ้าจักรคำขจรศักดิ์เจ้าผู้ครองเมืองนครลำพูน เรียกครูบาศรีวิชัยพร้อมกับลูกวัดเข้าเมืองลำพูน ครั้งนั้นพวกลูกศิษย์ได้จัดขบวนแห่ครูบาศรีวิชัยเข้าสู่เมืองอย่างใหญ่โต การณ์ดังกล่าวคงจะทำให้ทางคณะสงฆ์ผู้ปกครองลำพูนตกใจอยู่มิใช่น้อย ดังจะพบว่าเมื่อครูบาศรีวิชัยพักอยู่ที่วัดมหาวันได้คืนหนึ่ง อุปราชเทศามณฑลพายัพจึงได้สั่งย้ายครูบาศรีวิชัยขึ้นไปยังเชียงใหม่ โดยให้พักกับพระครูเจ้าคณะเมืองเชียงใหม่ที่วัดเชตวัน เสร็จแล้วจึงมอบตัวให้พระครูสุคันธศีล รองเจ้าคณะเมืองเชียงใหม่ ที่วัดป่ากล้วย (ศรีดอนไชย)

          ในระหว่างที่ครูบาศรีวิชัยถูกควบคุมอยู่ที่วัดป่ากล้วย ก็ได้มีพ่อค้าใหญ่เข้ามารับเป็นผู้อุปฐากครูบาศรีวิชัยคือหลวงอนุสารสุนทร (ซุ่นฮี้ ชัวย่งเส็ง)และพญาคำ แห่งบ้านประตูท่าแพ ตลอดจนผู้คนทั้งในเชียงใหม่และใกล้เคียงต่างก็เดินทางมานมัสการครูบาศรีวิชัยเป็นจำนวนมาก ทางฝ่ายผู้ดูแลต่างเกรงว่าเรื่องจะลุกลามไปกันใหญ่เนื่องจากแรงศรัทธาของชาวเมืองเหล่านี้ เจ้าคณะเมืองเชียงใหม่และเจ้าคณะมณฑลพายัพจึงส่งครูบาศรีวิชัยไปรับการไต่สวนพิจารณาที่กรุงเทพฯ ซึ่งผลการพิจารณาไม่พบว่าครูบาศรีวิชัยมีความผิด และให้ครูบาศรีวิชัยเลือกเป็นเจ้าอาวาสหรืออาศัยอยู่ในวัดอื่นก็ได้ เมื่อครูบาศรีวิชัยกลับจากกรุงเทพฯแล้ว ชนทุกกลุ่มของล้านนาก็ได้เพิ่มความเคารพยกย่องในตัวครูบา ดังจะเห็นได้จากความสนับสนุนในการบูรณะปฏิสังขรณ์วัดวาอารามต่าง ๆ ทั่วไปในล้านนาซึ่งต้องใช้ทั้งเงินและแรงงานอย่างมหาศาล

          การต้องอธิกรณ์ช่วงที่สามของครูบาศรีวิชัยเกิดขึ้นในช่วงที่ได้มีการสร้างถนนขึ้นสู่พระธาตุดอย สุเทพเพราะขณะก่อสร้างทางอยู่นั้นเอง ปรากฏว่ามีพระสงฆ์ในจังหวัดเชียงใหม่รวม ๑๐ แขวง ๕๐ วัด ขอลาออกจากการปกครองคณะสงฆ์ไปขึ้นอยู่ในปกครองของครูบาศรีวิชัยแทน เมื่อเห็นการที่วัดขอแยกตัวไปขึ้นกับครูบาศรีวิชัยเพิ่มจำนวนมากขึ้นเรื่อย ๆ เช่นนั้น ทางคณะสงฆ์จึงสั่งให้กลุ่มพระสงฆ์ในวัดที่ขอแยกตัวออกดังกล่าวเข้ามอบตัวและพระสงฆ์ที่ครูบาศรีวิชัยเคยบวชให้ก็ถูกสั่งให้สึก อธิกรณ์ครั้งที่ ๓ นี้ได้ดำเนินมาจนกระทั่ง พ.ศ. ๒๔๗๙ ครูบาศรีวิชัยได้ให้คำรับรองต่อคณะสงฆ์ว่าจะปฏิบัติตามพระราชบัญญัติลักษณะการปกครองคณะสงฆ์ทุกประการ ท่านจึงได้รับอนุญาตให้เดินทางกลับลำพูนเมื่อวันที่ ๑๓ พฤษภาคม พ.ศ.๒๔๗๙ รวมเวลาที่ต้องสอบสวนและอบรมอยู่ที่วัดเบญจมบพิตรเป็นเวลาถึง ๖ เดือน ๑๗ วัน

          กรณีความขัดแย้งระหว่างครูบาศรีวิชัยกับคณะสงฆ์ฝ่ายปกครองได้ดำเนินมาเป็นระยะเวลาเกือบ ๓๐ ปี นับตั้งแต่ พ.ศ.๒๔๕๑ เป็นต้นมา ตราบกระทั่งวาระสุดท้ายในชีวิตของครูบาศรีวิชัย แต่ในช่วงเวลานั้น ครูบาศรีวิชัยก็ยังคงดำเนินการช่วยเหลือประชาชน เป็นที่พึ่งทางใจและดำเนินการบูรณะ ปฏิสังขรณ์วัดวาอารามต่างๆ ตลอดจนสาธารณะประโยชน์ตามคำอาราธนาอยู่เรื่อยมา

          ครูบาศรีวิชัยได้ชื่อว่าเป็นผู้ถือปฏิบัติเคร่งมาตั้งแต่เป็นสามเณร ดังเห็นว่าท่านเป็นผู้ที่มักน้อย ถือสันโดษ และเว้นอาหารที่มีเนื้อสัตว์เจือปน ตลอดจนงดกระทั่งหมาก เมี่ยง และบุหรี่ ทำให้คนทั่วไปเห็นว่าครูบาเป็นผู้บริสุทธิ์ที่มีลักษณะเป็น"ตนบุญ" คนทั้งปวงต่างก็ประสงค์จะทำบุญกับครูบาเพราะเชื่อว่าการถวายทานกับภิกษุผู้บริสุทธิ์เช่นนั้นจะทำให้ผู้ถวายทานได้รับอานิสงส์มาก เงินที่ประชาชนนำมาทำบุญก็นำไปใช้ในการก่อสร้างสาธารณประโยชน์และบูรณะศาสนสถานและศาสนวัตถุ งานก่อสร้างดังกล่าวเริ่มขึ้นเมื่อปี ฉลู พ.ศ.๒๔๔๒ เดือน ๓ แรม ๑ ค่ำ ครูบาได้แจ้งข่าวสารไปยังศรัทธาทั้งหลายรวมทั้งชาวเขาเผ่าต่าง ๆ ว่าจะวัดบ้านปางขึ้นใหม่ ซึ่งก็สร้างเสร็จภายในเวลาไม่นานนัก ให้ชื่อวัดใหม่นั้นว่า "วัดศรีดอยไชยทรายมูล" ซึ่งคนทั่วไปนิยมเรียกว่า "วัดบ้านปาง"

          ขั้นตอนปฏิบัติในการไปบูรณะปฏิสังขรณ์วัดมีว่า เมื่อครูบาได้รับนิมนต์ให้ไปบูรณะปฏิสังขรณ์วัดใดแล้ว ทางวัดเจ้าภาพก็จะสร้างที่พักของครูบากับศิษย์และปลูกปะรำสำหรับเป็นที่พักของผู้ที่มาทำบุญกับครูบา คืนแรกที่ครูบาไปถึงก็จะอธิษฐานจิตดูว่าการก่อสร้างครั้งนั้นจะสำเร็จหรือไม่ ซึ่งมีน้อยครั้งที่จะไม่สำเร็จเช่นการสร้างสะพานศรีวิชัยซึ่งเชื่อมระหว่าง อำเภอหางดง เชียงใหม่ กับอำเภอเมือง ลำพูน จากนั้นครูบาก็จะ "นั่งหนัก" คือเป็นประธานอยู่ประจำในงานนั้น คอยให้พรแก่ศรัทธาที่มาทำบุญโดยไม่สนใจเรื่องเงิน แต่มีคณะกรรมการช่วยกันรวบรวมเงินไปเป็นค่าใช้จ่ายในการก่อสร้าง ครูบาไป "นั่งหนัก" ที่ไหน ประชาชนจะหลั่งไหลกันไปทำบุญที่นั่นถึงวันละ ๒๐๐-๓๐๐ ราย คับคั่งจนที่นั้นกลายเป็นตลาดเป็นชุมชนขึ้น เมื่อก่อสร้างเสร็จแล้วก็จะมีงาน "พอยหลวง-ปอยหลวง" คืองานฉลอง บางแห่งมีงานฉลองถึงสิบห้าวัน และในช่วงเวลาดังกล่าวก็มักจะมีคนมาทำบุญกับครูบามากกว่าปกติ เมื่อเสร็จงาน"พอยหลวง-ปอยหลวง" ในที่หนึ่งแล้ว ครูบาและศิษย์ก็จะย้ายไปก่อสร้างที่อื่นตามที่มีผู้มานิมนต์ไว้ โดยที่ท่านจะไม่นำทรัพย์สินอื่นใดจากแหล่งก่อนไปด้วยเลย ช่วงที่ครูบาศรีวิชัยต้องอธิกรณ์ครั้งที่สองและถูกควบคุมไว้ที่วัดศรีดอนชัย เชียงใหม่ เป็นเวลา ๓ เดือนกับ ๘ วันนั้น ผู้คนหลั่งไหลไปทำบุญกับครูบาไม่ต่ำกว่าวันละ ๒๐๐ ราย

          เมื่อครูบาศรีวิชัยได้ผ่านการพิจารณาอธิกรณ์ที่กรุงเทพฯ ซึ่งใช้เวลาอีก ๒ เดือนกับ ๔ วันแล้วครูบาก็เดินทางกลับลำพูนเมื่อวันที่ ๒๑ กรกฎาคม พ.ศ.๒๔๖๓ หลังจากนั้นผู้คนก็มีความศรัทธาในตัวครูบามากขึ้น ครูบาศรีวิชัย เริ่มต้นการบูรณะวัดขณะที่ท่านอายุ ๔๒ ปี โดยเริ่มจากการบูรณะพระเจดีย์บ่อนไก้แจ้ จังหวัดลำปาง ถัดจากนั้นได้บูรณะเจดีย์และวิหารวัดพระธาตุหริภุญชัย ต่อมาได้ไปบูรณะเจดีย์ดอยเกิ้ง ในเขตอำเภอฮอด เชียงใหม่ จากนั้นไปบูรณะวัดศรีโคมคำ จังหวัดพะเยา กล่าวกันมาว่าในวันที่ท่านถึงพะเยานั้น มีประชาชนนำเงินมาบริจาคร่วมทำบุญใส่ปีบได้ถึง ๒ ปีบ หลังจากนั้นมาบูรณะวัดพระสิงห์ เชียงใหม่ เป็นอาทิ รวมแล้วพบว่างานบูรณะปฏิสังขรณ์วัดวาอารามของครูบาศรีวิชัยมีประมาณ ๒๐๐ แห่ง

          ในขณะที่ครูบาศรีวิชัยกำลังบูรณะวัดสวนดอกเชียงใหม่ใน พ.ศ.๒๔๗๕ อยู่นั้น หลวงศรีประกาศได้หารือกับครูบาศรีวิชัยว่าอยากจะนำไฟฟ้าขึ้นไปใช้บนดอยสุเทพ แต่ครูบาศรีวิชัยว่าหากทำถนนขึ้นไปจะง่ายกว่าและจะได้ไฟฟ้าในภายหลัง ทั้งนี้ทางการเคยคำนวณไว้ในช่วง พ.ศ.๒๔๖๐ ว่าหากสร้างทางขึ้นดอยสุเทพนั้นจะต้องใช้งบประมาณ ๒๐๐,๐๐๐ บาท แต่ครูบาศรีวิชัยได้เริ่มสร้างทางเมื่อวันที่ ๙ พฤศจิกายน พ.ศ.๒๔๗๗ และเปิดให้รถยนต์แล่นได้ในวันที่ ๓๐ เมษายน พ.ศ.๒๔๘๘ โดยไม่ต้องใช้งบประมาณเลย ครั้นเสร็จงานสร้างถนนแล้ว ครูบาศรีวิชัยก็ถูกนำตัวไปสอบอธิกรณ์ที่กรุงเทพฯอีกเป็นครั้งที่สอง และงานชิ้นสุดท้ายของท่านที่ไม่เสร็จในสมัยที่ท่านยังมีชีวิตอยู่ก็คือสะพานศรีวิชัยอนุสรณ์ ทอดข้ามน้ำแม่ปิงเชื่อมอำเภอหางดง เชียงใหม่ กับอำเภอเมืองจังหวัดลำพูน

          ในการก่อสร้างต่าง ๆ นับแต่ พ.ศ.๒๔๖๓ ถึง ๒๔๗๑ มีผู้ได้บริจาคเงินทำบุญกับท่าน ประมาณ ๓๐๐,๐๐๐ รูปี คิดเป็นเงินไม่น้อยกว่าสามหมื่นห้าพันบาท รวมค่าก่อสร้างชั่วชีวิตของท่านประมาณสองล้านบาท นอกจากนั้นท่านยังได้สร้างคัมภีร์ต่าง ๆ อีกไม่น้อยกว่า ๓๐๐๐ ผูก คิดค่าจารเป็นเงิน ๔,๓๒๑ รูปี(รูปีละ ๘๐ สตางค์) ทั้งนี้ แม้ครูบาศรีวิชัยจะมีงานก่อสร้างที่ยิ่งใหญ่และมากมาย แต่บิดามารดาคือนายควายและนางอุสาก็ยังคงอยู่ในกระท่อมอย่างเดิมสืบมาตราบจนสิ้นอายุ

          ครูบาศรีวิชัย ซึ่งเป็นคนร่างเล็กผอมบางผิวขาว ไม่ใช่คนแข็งแรง แม้ท่านจะไม่ต้องทำงานประเภทใช้แรงงาน แต่การที่ต้องนั่งคอยต้อนรับและให้พรแก่ผู้มาทำบุญกับท่านนั้น ท่านจะต้อง"นั่งหนัก"อยู่ตลอดทั้งวัน ด้วยเหตุนี้ท่านจึงอาพาธด้วยโรคริดสีดวงทวารซึ่งสะสมมาแต่ครั้งการตระเวนก่อสร้างบูรณะวัดในเขตล้านนา และการอาพาธได้กำเริบขณะที่สร้างสะพานข้ามแม่น้ำปิง ครูบาศรีวิชัยถึงแก่มรณภาพเมื่อวันที่ ๒๒ มีนาคม พ.ศ.๒๔๘๑ ที่วัดบ้านปาง ขณะมีอายุได้ ๖๐ ปี ๙ เดือน ๑๑ วัน และตั้งศพไว้ที่วัดบ้านปางเป็นเวลา ๑ ปี บางท่านก็ว่า ๓ ปี จากนั้นได้เคลื่อนศพมาตั้งไว้ที่วัดจามเทวี ลำพูน จนถึงวันที่ ๒๑ มีนาคม พ.ศ.๒๔๘๙ จึงได้รับพระราชทานเพลิงศพ เมื่องานพระราชทานเพลิงศพเสร็จสิ้นจึงได้มีการแบ่งอัฐิของท่านไปบรรจุไว้ตามที่ต่าง ๆ เช่น ที่วัดจามเทวีจังหวัดลำพูน วัดสวนดอก จังหวัดเชียงใหม่ วัดพระแก้วดอนเต้า จังหวัดลำปาง วัดศรีโคมคำ จังหวัดพะเยา วัดพระธาตุช่อแฮ จังหวัดแพร่ และที่วัดบ้านปาง จังหวัดลำพูนอันเป็นวัดดั้งเดิมของท่าน เป็นต้น

          ในยุคที่ครูบาศรีวิชัยยังไม่ถึงแก่มรณภาพนั้น ผู้ที่ทำบุญกับครูบาศรีวิชัยจะได้รับความอิ่มใจที่ได้ทำบุญกับท่านเท่านั้น ส่วนการสร้างวัตถุมงคลนั้น ระยะแรก พวกลูกศิษย์ที่นับถือครูบาศรีวิชัยได้จัดทำพระเครื่องคล้ายพระรอดหรือพระคงของลำพูน โดยเมื่อครูบาปลงผมในวันโกน ก็จะเก็บเอาเส้นผมนั้นมาผสมกับมุกมีส่วนผสมกับน้ำรักกดลงในแบบพิมพ์ดินเผาแล้วแจกกันไปโดยไม่ต้องเช่าในระหว่างศิษย์ กล่าวกันว่าเพื่อป้องกันภยันตรายต่าง ๆ ซึ่งก็ลือกันว่ามีอิทธิฤทธิ์เป็นที่น่าอัศจรรย์

          ส่วนเหรียญโลหะรูปครูบาศรีวิชัยนั้น พระครูวิมลญาณประยุต (สุดใจ วิกสิตฺโต) ชาวจังหวัดอ่างทองได้ร่วมกับคณะสงฆ์จังหวัดลำพูนสร้างขึ้นให้เช่าเพื่อนำเงินมาช่วยในการปลงศพครูบาศรีวิชัย โดยให้เช่าในราคาเหรียญละ ๕ สตางค์ ทั้งนี้ สิงฆะ วรรณสัย ยืนยันจากประสบการณ์ที่ท่านรู้จักครูบาดีและได้คลุกคลีกับเรื่องพระเครื่องมาตั้งแต่ครูบายังไม่มรณภาพนั้นระบุว่าไม่มีเหรียญรุ่นดอยสุเทพ ไม่มีเหรียญที่ครูบาศรีวิชัยสร้าง หรือวัตถุมงคลอื่นใดที่ครูบาจะสร้างขึ้น นอกจากการให้พรและความอิ่มใจในการทำบุญกับท่านเท่านั้น แต่ในระยะหลังก็พบว่ามีการสร้างวัตถุมงคลของครูบาอยู่เป็นจำนวนมาก ในรูปแบบต่างๆ โดยผู้ที่ครอบครองวัตถุมงคลเหล่านั้นมีความศรัทธาในความดีของ "ตน"